东京大学综合实力稳居日本国内位，与排名第二位的京都大学共同构成日本科教金字塔的最尖端。东京大学所有学科门类均无明显短板，在理学、医学、文学、工学、政治学等领域拥有世界级的学术影响力，在土木、建筑学领域更是居于最尖端队列。
QS世界大学学科排名
| 学科 | 2014年 | 2013年 | 2012年 |
|---|---|---|---|
| 会计与金融 |
23 |
26 | 12 |
| 农林科学 |
13 |
19 | —— |
| 生命科学 |
18 |
12 | 17 |
| 化学 |
9 |
6 | 14 |
| 新闻传播学 |
29 |
50 | 9 |
| 计算机科学及信息系统 |
20 |
20 | 11 |
| 地球与海洋科学 |
13 |
18 | 15 |
| 经济与计量经济学 |
19 |
21 | 20 |
| 教育培训 |
35 |
25 | 12 |
| 化学工程 |
7 |
8 | 10 |
| 土木工程 |
4 |
3 | 2 |
| 电子电气工程 |
14 |
12 | 10 |
| 机械工程 |
10 |
8 | 8 |
| 环境学 |
25 |
25 | 16 |
| 地理学 |
48 |
28 | 7 |
| 历史与考古学 |
37 |
51-100 | —— |
| 法学 |
22 |
37 | —— |
| 语言学 |
20 |
14 | 9 |
| 材料科学 |
17 |
16 | 24 |
| 数学 |
23 |
22 | 31 |
| 医学 |
20 |
21 | 25 |
| 现代语言学 |
13 |
20 | 19 |
| 药学 |
12 |
14 | 8 |
| 哲学 |
29 |
—— | —— |
| 物理学 |
9 |
9 | 14 |
| 政治学 |
12 |
9 | 11 |
| 心理学 |
51-100 |
39 | 20 |
| 统计及运筹学 |
14 |
12 | 27 |
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北海道大学
名古屋大学
神户大学
筑波大学
岐阜大学
宫崎大学
京都大学
香川大学