到2013年，新潟大学拥有9个学部和5个大学院研究科，以及脑研究所、灾害?复兴科学研究所、医齿学综合医院等研究机构。学生数约为13,000人、教职人员约为2,900人。是日本国本州岛、日本海沿岸一侧规模最大的名牌综合性国立大学。
包括位于市区西部的面积最大的五十岚校区，位于市中心的医学系学部?机构集中的旭町校区以及位于西大畑地区的设立教育人类科学部附属学校以及面向社会人学生授课的新潟站南校区等三处校区。
另外，也在长冈市拥有附属学校（小学校、中学校、幼儿园），在佐渡市拥有理学部附属临海实验所，在同市和中蒲原郡村松町拥有农学部附属稻田科学教育研究中心。
日本国国立大学“大学院重点化”项目的重点大学之一。
日本国国立大学“大学院重点化”项目选中大学一览（合计16校）
东京大学京都大学 北海道大学 东北大学 大阪大学 名古屋大学九州大学（旧帝国大学）
新潟大学 冈山大学 金泽大学 广岛大学 一桥大学 神户大学 筑波大学东京工业大学（旧官立大学）
东京医科齿科大学
2013年3月，日本战前就存在的六所名门旧官立大学（新潟大学金沢大学千叶大学冈山大学熊本大学长崎大学）签署国立六大学联合协议，从而强化资源共享，培养国际化研究性人才，增强国际竞争力。
东京大学
九州大学
北海道大学
名古屋大学
神户大学
筑波大学
岐阜大学
宫崎大学
京都大学
香川大学